MarvinSketch Tips

よくわかっていないまま、使用中w

#001 PubChemから入手したSDFから構造式を描画

SDFは直接読み込みできる。"H"表示が邪魔なので、次の手順で削除。

メインウィンドウ左下付近にある"Assign Atoms"アイコンをクリックして、、
画面上部のStructureメニューより、Clean 2D -> Clean in 2Dを選択。

同StructureメニューのRemove -> Explicit Hydrogensをクリック。

QUANTUM ESPRESSO Tips

基本的な疑問点は、下記FAQを参照

http://www.quantum-espresso.org/faq/


入力ファイルの作成



PWguiを利用する。入力項目は結構な数あるが、

説明も詳しく、わかりやすい。便利。
File >> Settings で実行ファイルへのパスを設定すると

直接計算を開始することも出来る。やはり便利。

構造の可視化



XCrySDenで入力、出力ともに読み込み可。
$ xcrysden --pwi  session.pw.in

$ xcrysden --pwo session.pw.out

並列計算の実行



$ mpirun -np 4 pw.x < session.pw.in > session.pw.out

フェルミエネルギーの出力



Gaussian smearingを有効にして、バンド数（nbnd）を定義する。

occupationsは'smearing'でなくて、'tetrahedra'でもOKだったはず。

DOSの計算。



pwguiを使ってdos.xの入力ファイルを作成する。

その後、

$ dos.x < session.dos.in > session.dos.out

てふ/Tex Tips 

○スペース

\半角スペース   <-半角スペース

\,  <- 少し狭いスペース
○括弧

\bigl( abc \bigr)

\Bigl{ abc \Bigr}

\biggl{ abc \biggr}

\Biggl[ abc \Biggr]
○記号

\infty   <-無限

\times  <-積

\div      <-商

\equiv  <-数値的同値

\neq    <- 不等号（not equal）

\simeq  <- 近似等号？

\sim     <-  線形同値

\cong   <- 同型

\leq      <- 不等号（より小）

\geq     <- 不等号（より大）
LaTeX:Symbols

http://www.artofproblemsolving.com/Wiki/index.php/LaTeX:Symbols



○文字配置

\vec{e}

\dot{T}
中央下部に文字配置

\stackrel{string}{abc}

\underset{abc}{\rightarrow}

freq計算のGIFアニメーションを作成


molden + gifsicle を用いた方法



1. freq計算を実行
2. molden で結果ファイルを読み込む
3. コントロール画面右上の"Norm. Mode"ボタンをクリック
4. Molden Frequency Select画面で注目するモードをクリック
（アニメーション開始）

（コントロールの砂時計アイコンクリックでDelay Timeを指定可）
5. コントロールのカメラアイコンをクリックしGIF連続作成開始
6. 再度カメラアイコンをクリックし終了
7. 骸骨アイコンをクリックし、molden終了
8. ターミナルから、gifsicleコマンドを実行
$ gifsicle --loopcount=0 mol0*.gif > animated.gif
以上

広島 食事 レストラン

○お好み焼　たぬき
住所／広島市東区戸坂中町4−5
電話／（082）229−5418
営業時間／11：00〜20：00
定休日／火曜日

※ my favorite;-) おばちゃん元気にしてるかな？


○むさし
http://www.musubi-musashi.co.jp/

※ おむすび買って、市民球場行ってたなー。

○マリオ
http://www.sanmario.com/i

※なんかすごく店舗増えてるなー。リストランテがgood。

○広亭タナカ
http://www1.megaegg.ne.jp/~hirotei-tanaka/

※タンシチュー美味かったけど、まだあるかな？


行ったことないけども、機会があれば。。

○とみ助
〒730-0033 広島県広島市中区堀川町1-31 ABプラザビル1F
広島電鉄（広島駅-広電西広島）胡町駅 徒歩3分
TEL：082-247-9903
http://r.gnavi.co.jp/dwww1k6j0000/

未整理

いろいろと出鱈目なので、参照しないでください。



$ sudo apt-get install wl

[sudo] password for whoami: 

パッケージリストを読み込んでいます... 完了

依存関係ツリーを作成しています                

状態情報を読み取っています... 完了

以下のパッケージが自動でインストールされましたが、もう必要とされていません:

  lib32bz2-1.0 libreoffice-l10n-common libaccess-bridge-java lib32ncurses5 libx264-116 lib32tinfo5 python-central lib32ffi6 lib32asound2

  libaccess-bridge-java-jni libvpx0 libjpeg62:i386 lib32ncursesw5 lib32z1 libmusicbrainz4c2a lib32stdc++6 openoffice.org-common libllvm2.9:i386

これらを削除するには 'apt-get autoremove' を利用してください。

以下の特別パッケージがインストールされます:

  apel emacs emacs23 emacs23-bin-common emacs23-common flim libm17n-0 libotf0 m17n-contrib m17n-db semi

提案パッケージ:

  emacs23-el xemacs21-bin m17n-docs mailcrypt gnutls-bin starttls x-face-el w3m-el mule-ucs bbdb im bitmap-mule namazu2 mu-cite mhc

以下のパッケージが新たにインストールされます:

  apel emacs emacs23 emacs23-bin-common emacs23-common flim libm17n-0 libotf0 m17n-contrib m17n-db semi wl

アップグレード: 0 個、新規インストール: 12 個、削除: 0 個、保留: 0 個。

30.2 MB のアーカイブを取得する必要があります。

この操作後に追加で 92.3 MB のディスク容量が消費されます。

続行しますか [Y/n]? 



~/.wlに次の内容を記述。";"以降はコメント。



(setq wl-smtp-posting-server "SMTPサーバアドレス")

(setq smtp-local-domain "メールアドレスドメイン")

;(setq wl-smtp-posting-port 465)

(setq elmo-imap4-default-server "IMAPサーバアドレス")

(setq elmo-imap4-default-authenticate-type 'clear)

;(setq elmo-imap4-default-stream-type 'ssl)

;(setq elmo-imap4-default-port 993)

(setq elmo-imap4-default-user "メールアカウント")

(setq wl-from "リターンアドレス")



wlを起動するには、emacsを起動した後、Esc, x, wl, Enterの順にキーボードを叩く。



"[-]Desktop:0/0/0"の下の行にカーソルを移動し、

m, a の順にキーボードを叩く。ディレクトリ名を聞かれるので、%に続けて入力する。

フォルダ名は、次の手順で確認するとよい。
telnetでimap接続
$ telnet imap.server.com 143
※ ssl接続の場合、 $ openssl s_client -host imap.server.com -port 143
1 login username password

2 list ""*

(ディレクトリのリスト表示)

3 select inbox.foo

(該当ディレクトリの選択)

※ 読み込み専用の場合、selectの代わりにexamineを使用

4  close

(該当ディレクトリの選択解除)

5 capability

(サーバーの提供機能一覧)

6 logout
※各コマンドの最初に適当な数字を入力する必要あり。。
オンライン、オフライン切り替え： M(Esc)+t
メッセージをすべて既読：フォルダを指定して c キー



サマリモードで、

m a または * でマークを付けて、m O でコピー先(oだと移動)を指定。
コピー先の指定例。

 +archive/test

 $archive/m2012;zip
x で実行。
※ マークのリスト。

d 	消去のマークをつける

o 	移動のマークをつける

O 	コピーのマークをつける

u 	マークを取り消す

U 	全てのマークを取り消す

x 	マークの処理の実行



ローカルのデータを見るには、フォルダモードで、

m aとして$archive/m2012;zipかな。



メッセージを検索するには、サマリモードでVを入力する。

Serch by (Body): に検索条件を入力する。

From/To/Cc/ToCc/Subject/Body 最初に!を付けるとアンマッチ。

最初の検索条件指定時に、ANDやORを入力すると、複数条件を指定可能。

検索結果に対して、同様の操作で絞り込み検索が可能。
C-gキーで、実行中の作業を中止（emacs）。

C-x uキーでアンドゥ（emacs）。
メールを書く。
wで新規作成、a/Aで返信、fで転送。

C-c + C-cまたはC-c + C-sで送信。
C-c + C-x + C-i（またはTab）でファイル添付

C-c + C-p でプレビュー



メッセージモードで、eを押すと添付ファイルを保存する。