2007-08-01から1ヶ月間の記事一覧

QMForge - Tools for Converting Output from QM Calculations Into Something More Useful

http://qmforge.sourceforge.net/

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

http://lammps.sandia.gov/

MONSTER - A Tool for Inferring Non-Covalent Interactions in Macromolecular Complexes

http://monster.northwestern.edu/

AMMP - modern full-featured molecular mechanics, dynamics and modeling program

http://www.cs.gsu.edu/~cscrwh/ammp/ammp.html

YASARA - molecular-graphics, -modeling and -simulation program

http://www.yasara.org/

HADDOCK - High Ambiguity Driven biomolecular DOCKing

http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock/

ChemSpider - Building a Chemical Structure Centric Community for Chemists

http://www.chemspider.com/

Orca - An ab initio, DFT and semiempirical SCF-MO package

http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/

UCSF Chimera

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

GULP

https://www.ivec.org/gulp/

FHImd

http://www.fhi-berlin.mpg.de/th/fhimd/

Quantum Espresso

http://www.quantum-espresso.org/

QUANTUM - Molecular Docking Software

http://q-pharm.com/

Gabedit - a graphical user interface to computational chemistry packages

http://gabedit.sourceforge.net/

Windows で rsh

SFU 3.5を使う方法、 1、カスタムインストールを選び、Remote Connectivityをチェック。 (※Win Server製品は、自動的に選択されるらしい。) 2、パスワード、グループファイルはブランクにして、default Windows domainを選択。 3、C:\WINNT\system32\dri…

Perl TIPS

#!/usr/bin/perl -wif($#ARGV == -1){ printf(" Usage: %s \n", $0); exit -1; }open(INFILE, $ARGV[0]) || die " Can\'t open INFILE: $!\n";$flg=0; while() { if ( /RU\s+ready?/ ) { $flg=1; } if($flg==1){ if ( /\s* (.*)\s+ (.*)\s+ (.*)\s+ (.*)/ ) …

しぇる、シェル、SHELL、TIPS、Linux

最近、物覚えが、これまで以上に、悪くなりつつある? #001 ループ(bashの場合) for i in 1 2 3; do echo $i done(tcshの場合) foreach i ( 1 2 3 ) echo $i end #002 文字列を含むファイルの検索 $ find . -print0 | xargs -0 grep "strings" ↓ /tmp以…

ABINIT TIPS

www.abinit.org ○ ab.filesの例ab.in --- 入力 ab.out --- 出力 abi --- 入力波動関数 abo --- 出力波動関数 temp --- 一時ファイル ab1.hgh --- 擬ポテンシャル #1 ab2.hgh --- 擬ポテンシャル #2 ○ 実行方法 opt/abinis & log & ○ 単位の指定 'Ry ' --- Ry…