http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/

lib/python/pymol/preset.pyを参考にして作成。 PyMOL> select ligand, ( hetatm or not (resn ALA+CYS+CYX+ASP+GLU+PHE+GLY+HIS+HID+HIE+HIP+HISE+HISD+HISP+ILE+LYS+LEU+MET+MSE+ASN+PRO+GLN+ARG+SER+THR+VAL+TRP+TYR+A+C+T+G+U+DA+DC+DT+DG+DU+DI) ) and …

まずは、検索窓からコマンド検索 http://pymolwiki.org/index.php/Main_Page

http://www.pymolwiki.org/index.php/Gallery例、 hide everything set stick_radius, .075 set sphere_scale, .2 set label_size, 10 bg_color white show sticks show spheres label all, "%s" % name hide everything, elem H set ray_trace_mode, 1 set …

参考 http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Installできるだけ一般ユーザの権限で頑張る(CentOS7)以下のパッケージは、さすがにrootで。# yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter glew-devel \ freeglut-devel libpng-d…

WizardメニューからMeasurementを選択、Viewer右側にメニューが表示される。 Distancesをクリックし、リストからDihedralsを選択。 マウス左クリックで4つの原子を選択すると画面内に二面角が表示される。もしくは、get_dihedralコマンドを使う。get_dihedra…

cmd.createを利用する ヘルプより、 cmd.create(string name, string selection, int state, int target_state, int discrete) 例えば、、 cmd.create("mov",prefix,1,j)

PyMOL> help command's namee.g. PyMOL> help save

http://stackoverflow.com/ から。 import numpy as np import redef atoi(text): try: return int(text) except ValueError: return textdef natural_keys(text): ''' alist.sort(key=natural_keys) sorts in human order http://nedbatchelder.com/blog/20…

PyMOL> run fitting.py