001. Kindle DXの操作取り込んだPDFをCollectionに移動する1. Menuボタンをクリックし、Create New Collectionにカーソルをあわせて、ボタンを押し選択2. Enter Collection Nameに適当な名称を入力し、saveを選択3. 作成したcollectionにカーソルをあわせ、…

http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/

lib/python/pymol/preset.pyを参考にして作成。 PyMOL> select ligand, ( hetatm or not (resn ALA+CYS+CYX+ASP+GLU+PHE+GLY+HIS+HID+HIE+HIP+HISE+HISD+HISP+ILE+LYS+LEU+MET+MSE+ASN+PRO+GLN+ARG+SER+THR+VAL+TRP+TYR+A+C+T+G+U+DA+DC+DT+DG+DU+DI) ) and …

まずは、検索窓からコマンド検索 http://pymolwiki.org/index.php/Main_Page

http://www.pymolwiki.org/index.php/Gallery例、 hide everything set stick_radius, .075 set sphere_scale, .2 set label_size, 10 bg_color white show sticks show spheres label all, "%s" % name hide everything, elem H set ray_trace_mode, 1 set …

参考 http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Installできるだけ一般ユーザの権限で頑張る(CentOS7)以下のパッケージは、さすがにrootで。# yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter glew-devel \ freeglut-devel libpng-d…

WizardメニューからMeasurementを選択、Viewer右側にメニューが表示される。 Distancesをクリックし、リストからDihedralsを選択。 マウス左クリックで4つの原子を選択すると画面内に二面角が表示される。もしくは、get_dihedralコマンドを使う。get_dihedra…

cmd.createを利用する ヘルプより、 cmd.create(string name, string selection, int state, int target_state, int discrete) 例えば、、 cmd.create("mov",prefix,1,j)

PyMOL> help command's namee.g. PyMOL> help save

http://stackoverflow.com/ から。 import numpy as np import redef atoi(text): try: return int(text) except ValueError: return textdef natural_keys(text): ''' alist.sort(key=natural_keys) sorts in human order http://nedbatchelder.com/blog/20…

PyMOL> run fitting.py

01. エラー Returned from execl, istat=-1, errno=45! Returned from execl!Scratch filesを（遅い）NFS領域に書き出す場合に発生。 環境変数GAUSS_SCRDIRでローカルディスクに書き出すよう変更する。 02. WebMOで結合距離、角度の表示 ビューア左側の矢印…

Academic reference management software for researchers | Mendeley http://www.mendeley.com/Mendeley is a free reference manager and academic social network that can help you organize your research, collaborate with others online, and discov…

$ sqlite3 temp.txt SQLite version 3.6.22 Enter ".help" for instructions Enter SQL statements terminated with a ";" sqlite> .help .backup ?DB? FILE Backup DB (default "main") to FILE .bail ON|OFF Stop after hitting an error. Default OFF .da…

http://java.sun.com/j2se/1.5.0/ja/docs/ja/guide/management/jconsole.html

http://otndnld.oracle.co.jp/document/products/wls/docs81/perform/JVMTuning.html

http://www.tagtraum.com/gcviewer.html

http://java.sun.com/j2se/1.5.0/ja/docs/ja/tooldocs/share/jstat.html $ jstat -<option> [-t] [-h<lines>] <vmid> [<interval> [<count>]]使用例 $ jps -v （プロセスIDを確認, Java Virtual Machine Process Status Tool） $ jstat -gcutil -h8 <プロセスID> 5000 $ jstat -gc -h8 <プロセスID></count></interval></vmid></lines></option>…

ログ出力用 -verbose:gc -Xloggc:gc-$$.log [-XX:+PrintGCDetails]サイズ調整用 -Xmx , 最大ヒープサイズ（e.g. -Xmx1024M） -Xms , 最小ヒープサイズ（通常、-Xmxと同じ値にする） -XX:MaxNewSize , NEW（Eden&Survivor）領域最大サイズ（e.g. -XX:MaxNewSi…

ヒープチューニング

01. キーワード http://openmopac.net/manual/allkeys.html02. MOを表示 キーワードGRAPHFを追加、jmolで読み込み、 右クリック->Molecular Orbitals -> MO番号選択 で可視化可能。

No Link Underline http://www.chromeextensions.org/appearance-functioning/no-underlined-links/ Chrome PDF Viewer chrome://plugins を開き、Chrome PDF Viewerを"有効にする"

Manpage of ASSERT http://www.linux.or.jp/JM/html/LDP_man-pages/man3/assert.3.htmlassert(expression)は、expression が偽の時、プログラムを中断(abort)する。NDEBUGを定義すると何もされない。デバッグ用。

Structure and Interpretation of Computer Programs (MIT Press, 1984; ISBN 0-262-01077-1) http://mitpress.mit.edu/sicp/

http://blogs.springer.com/authormapper/

Fedora13

めも VT6656(160a:3184)ドライバが centos(2.6.18-194-11.1.el5)にうまく当たらない。見つけたバージョン VT6656_Linux_src_v1.19_12_x86 : kernel panic VT6656_linux_src_v1.20.03_x86 : structでエラーfedora(2.6.33?)ならkernelに組み込まれてる？