2007-01-01から1年間の記事一覧

xxdコマンド、バイナリダンプ

odは、2進で出力できないようなので。いったん、 man ページをペースト XXD(1) XXD(1)NAME xxd - make a hexdump or do the reverse.SYNOPSIS xxd -h[elp] xxd [options] [infile [outfile]] xxd -r[evert] [options] [infile [outfile]]DESCRIPTION xxd cre…

チョコレート、chocolate

食べて美味しかった店を、忘れないようにメモ。 レダラッハ、LADERACH http://www.laderach.com/ ジャン・ポール・エヴァン、JEAN-PAUL HEVIN http://www.jph-japon.co.jp/

lightbox2.03.3 備忘録

lightbox2.03.3を試してみた。 以下、備忘録。 1. パッケージのダウンロード&展開 ここからダウンロード。Exampleあり。 http://www.huddletogether.com/projects/lightbox2/ 2. js/lightbox.jsファイルの編集 正しいロケーションにエディット。 例) // Co…

皮相電力と有効電力

1V の電圧が加わって、1A の電流が流れる時の電力が1ワットで、 次の関係がある。 電力(W) = 電圧(V) × 電流(A) 交流の場合は、合成抵抗であるインピーダンスによって、 電圧と電流の位相にずれが生じ、有効電力と無効電力に分かれる。 無効電力を含めた…

テキストエディタ、タブエディタ、Text Editor

Windows環境のテキストエディタ、 秀丸 >> MKEditor >> Apsaly と変遷してきたけども、 気に入ってた Apsaly に印刷機能がないことがわかり、 もう一度乗り換えることに。 テキストエディタの比較表 http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_text_editor…

Outlook 2007

メールを新規作成すると改行マーク(段落記号)が非常にうっとおしい。 これを非表示にするには、 1、左上のアイコン(Officeボタン、って言うらしい)をクリック 2、右下の「編集オプション」をクリック 3、左リストの「表示」をクリック 4、「段落記号…

Receiver Operating Characteristic curve

ROC曲線、受動者動作特性曲線、または等感受性曲線 よく理解してないけども、検定等の感受性を示すものらしく、比較なんかに利用されるらしい。。 横軸が、偽陽性率(False Positive Fraction/間違って陽性とする確率)、1−特異度(Specificity) 縦軸が、…

溶媒中での遷移構造探索 - Gaussian

# opt=(calcfs,ts) uhf/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=water) nosymm として計算したところ、次のエラーが。。 United Atom Topological Model (UA0 parameters set). UA0: Hydrogen 19 has 2 bonds. Keep it explicit at all point on the UA0: potential ene…

QMForge - Tools for Converting Output from QM Calculations Into Something More Useful

http://qmforge.sourceforge.net/

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

http://lammps.sandia.gov/

MONSTER - A Tool for Inferring Non-Covalent Interactions in Macromolecular Complexes

http://monster.northwestern.edu/

AMMP - modern full-featured molecular mechanics, dynamics and modeling program

http://www.cs.gsu.edu/~cscrwh/ammp/ammp.html

YASARA - molecular-graphics, -modeling and -simulation program

http://www.yasara.org/

HADDOCK - High Ambiguity Driven biomolecular DOCKing

http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock/

ChemSpider - Building a Chemical Structure Centric Community for Chemists

http://www.chemspider.com/

Orca - An ab initio, DFT and semiempirical SCF-MO package

http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/

UCSF Chimera

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

GULP

https://www.ivec.org/gulp/

FHImd

http://www.fhi-berlin.mpg.de/th/fhimd/

Quantum Espresso

http://www.quantum-espresso.org/

QUANTUM - Molecular Docking Software

http://q-pharm.com/

Gabedit - a graphical user interface to computational chemistry packages

http://gabedit.sourceforge.net/

Windows で rsh

SFU 3.5を使う方法、 1、カスタムインストールを選び、Remote Connectivityをチェック。 (※Win Server製品は、自動的に選択されるらしい。) 2、パスワード、グループファイルはブランクにして、default Windows domainを選択。 3、C:\WINNT\system32\dri…

Perl TIPS

#!/usr/bin/perl -wif($#ARGV == -1){ printf(" Usage: %s \n", $0); exit -1; }open(INFILE, $ARGV[0]) || die " Can\'t open INFILE: $!\n";$flg=0; while() { if ( /RU\s+ready?/ ) { $flg=1; } if($flg==1){ if ( /\s* (.*)\s+ (.*)\s+ (.*)\s+ (.*)/ ) …

しぇる、シェル、SHELL、TIPS、Linux

最近、物覚えが、これまで以上に、悪くなりつつある? #001 ループ(bashの場合) for i in 1 2 3; do echo $i done(tcshの場合) foreach i ( 1 2 3 ) echo $i end #002 文字列を含むファイルの検索 $ find . -print0 | xargs -0 grep "strings" ↓ /tmp以…

ABINIT TIPS

www.abinit.org ○ ab.filesの例ab.in --- 入力 ab.out --- 出力 abi --- 入力波動関数 abo --- 出力波動関数 temp --- 一時ファイル ab1.hgh --- 擬ポテンシャル #1 ab2.hgh --- 擬ポテンシャル #2 ○ 実行方法 opt/abinis & log & ○ 単位の指定 'Ry ' --- Ry…

分極関数と分散関数

●分極関数(Polarization function) 結合によって電子分布が歪んでいる時に利用例 6-31(d) : 水素原子以外にd型分極関数を追加 6-31(d,p) : 水素原子にp型分極関数を追加 ●分散関数(Diffuse function) アニオンのように電子分布が広がっている時に利用例 …

原子単位系

○エネルギーの単位1 [hartree] = 27.2116 [eV] = 4.36 * 10^(-18) [J] = 627.509 [kcal/mol] = 2625.49962 [kJ/mol] = 2.0 [Ry]1 [kcal/mol] = 4.184 [kJ/mol]1 [eV] = 0.0367490 [a.u.] = 1.60217646 * 10^(-19) [J] = 23.06036 [kcal/mol] = 96.48455 [kJ/…

電子配置

基底状態の電子配置、第4周期まで

xorg.conf

古いノートにVine 4.1をインストールする機会があったのでメモメモ。 Xconfiguratorだとセグフォで落ちるので、半手動でX Windowを設定。 xorg.confの生成 # Xorg -configure テスト # X -config /root/xorg.conf.new OKなら、/etc/X11/xorg.confへコピー。 …