Gaussian tips - mog

01. エラー
Returned from execl, istat=-1, errno=45!
Returned from execl!

Scratch filesを（遅い）NFS領域に書き出す場合に発生。
環境変数GAUSS_SCRDIRでローカルディスクに書き出すよう変更する。

02. WebMOで結合距離、角度の表示
ビューア左側の矢印アイコンをクリックし、Selectモードに切り替える。
一つ目の原子を左クリック、2番目の原子からShiftキーを押しながらクリックしていく。
画面下方に、bond -> angle -> dihedralと表示されていく。

03. Gaussian-n

出力例



Temperature=       298.150000   Pressure=           1.000000 

E(ZPE)=               .020511   E(Thermal)=          .023346 

E(QCISD(T))=       -76.276078   E(Empiric)=         -.024560 

DE(Plus)=            -.010827   DE(2DF)=            -.037385 

G1(0 K)=           -76.328339   G1 Energy=        -76.325503 

G1 Enthalpy=       -76.324559   G1 Free Energy=   -76.303182 

E(Delta-G2)=         -.008275   E(G2-Empiric)=       .004560 

G2(0 K)=           -76.332054   G2 Energy=        -76.329219 

G2 Enthalpy=       -76.328274   G2 Free Energy=   -76.306897 
G2 (0 K)

Zero-point-corrected electronic energy: E0 = Eelec + ZPE
G2 Energy

Thermal-corrected energy: E = E0 + Etrans + Erot + Evib
G2 Enthalpy

Enthalpy computed using the G2 predicted energy: H = E + RT
G2 Free Energy

Gibbs Free Energy computed using the G2 predicted energy: G = H - TS

入力例

%Chk=formald
# G2 Test

G2 on formaldehyde

0 1
molecule specification

--Link1--
%Chk=formald
%NoSave
# G2(Restart,ReadIso) Geom=Check

Repeat at 300 K

0,1

300.0 1.0
isotope specifications

04. g2計算のQCISD(l913)で"*MAX. CYCLES*"がデフォルトの50を超えてエラーになる場合

ルートセクションにQCISD(maxcyc=100)を追加。
構造最適化でエラーになる場合は、OPT(MaxCyc=512)を追加。

05. "Convergence criterion not met"エラー
デフォルトでは、SCFサイクルは最大128
SCF(Maxcyc=512)を追加。SCF(QC), SCF(XQC), SCF(FERMI)なども。構造の振動が原因のようならOPT(Newton)などアルゴリズムを変更してみる。

06. SMILESファイルを3D立体構造に変換
openbabelのobgenを使用,出力はSDF形式



$ obgen test.smi 1> test.sdf 2> obgen.log

$ babel -isdf test.sdf -ocom test.com

or

$ babel -isdf test.sdf -ogzmat test.com

obminimizeやobconformerってツールもあるらしい。



$ obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2

$ obconformer 250 100 baseconformer.sdf > rotamer1.sdf

$ babel -isdf rotamer1.sdf -ocom rotamer1-.com -m

07. gaussianerros.com

http://www.gaussianerrors.com/index.html

08. 遷移状態の構造最適化

G03までの問題かな？CCLより引用。
" 2004 July 2
People new to gaussian may wish to note that Gaussian *never* seems to find a transition state unless the NoEigentest (see below) keyword is included. I don't know why this is not the default. A good option is often Opt(TS, NoEigenTest, mndofc, MaxCycle=99).
EL"

09. 構造緩和計算で収束しない場合

次のオプションを試してみる．？



scf(fermi,xqc,maxcyc=500)

Int=UltraFine

NoSymm

SCF=QC

SCF=XQC

SCF=noincfock

OPT=CalcFC

OPT=CalcAll

OPT=Z-matrix