Keywords for Spartan’06/08/10/14/16
SMP並列計算
CPUCNT=X
キーワードで指定
CUIからの実行方法
方法1.
$ spartan16 --submit formaldehyde.spartan
方法2.
$ spartan16 --unpack formaldehyde.spartan
$ cd formaldehyde/M001
$ spartan16 --process-commands -d .
※--process-commandsの方は，-dでinputファイル格納ディレクトリを指定する（inputファイルのみでOK）
※/usr/以下のインストールディレクトリにqsub_script.template,sbatch_script.template
NMRケミカルシフトDBの変更
PreferencesのNMR url:からサーバを変更
変更前
nmrshiftdb.chemie.uni-mainz.de
変更後
nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
//
キーワード設定ファイル
/SpartanXXX/auxDir/config/preferences
Q-Chem出力の表示
printlev=verbose keepverbose
※'08は、keepverboseだけで良いみたい。
※'08は、Preferences...にチェックボックスあり
途中経過をみたい場合、%TEMP%以下にあるWFからはじまる
フォルダのvoutputをエディタで開く。
例）
C:\Users\ユーザ名\AppData\Local\Temp\WF0556001e22050\voutput
SCF結果の出力
SCF_PRINT=n
n=0（最小）
1
2 （密度行列、Fockと分子軌道）
3. （2電子積分）
SCF_FINAL_PRINT=m
m = 0 / 追加出力なし（デフォルト）
1 （軌道エネルギーなど）
2 （MO係数、密度行列）
3 (Fock行列、密度行列)
SCFのinitial guessを指定（Q-Chemオプション）
SCF_GUESS=SAD/GWH/CORE/READ
Initial guessの出力
SCF_GUESS_PRINT=n
n=0 default
アルゴリズムがSADの場合
1 atomic density matrices and molecular matrix
2 level 1 plus density matrices
CORE and GWHの場合
1 No extra output
2 level 1 plus Fock and density matrices and MO coefficients and eigenvalues
READ
1 no extra output
2 level 1 plus density matrices MO coefficients and eigenvalues
UHF
scf=unrestrict
※unrestricted=trueでも可
SCFイタレーションの上限（デフォルト50）
scfcycle=N
※Q-Chemの場合、MAX_SCF_CYCLES=N
initial guessの対称性を壊す
UNRESTRICTED=TRUE
SCF_GUESS=GWH
SCF_GUESS_MIX=N
※(Alpha)HOMOにLUMOをN*10 [%]混ぜる（N=2だと20%）
※GUESSはSAD以外
initial Hessianの定義
GEOM_OPT_HESSIAN=DIAGONAL/READ
構造最適化の上限
（デフォルトは、
平衡構造、独立変数の数 + 20
遷移構造、独立変数の数 * 3）
geometrycycle=N
NBO解析、イオン性結合の寄与
nbo=ionic
Vista環境での表示トラブル
WF06.exeプロパティの互換性タブで
「デスクトップ コンポジションを無効にする」
にチェックで回避できた。非力なVGAのせい？
スペクトルのスケーリング
スペクトルデータを選択して
Shift + Alt + 右クリックで上下
メモリ上限の変更
（Windows）Optionsメニューから、
Monitor -> Options -> Limits
IRCの探索方向を変更（Q-Chemオプション）
JOBTYPE=RPATH RPATH_DIRECTION=-1 （逆方向）
MO係数を表示（Q-Chemオプション）
PRINT_ORBITALS=N
※Nは空軌道の数
スピンフリップ（Q-Chemオプション）
CC_SPIN_FLIP=TRUE
PAO(polarized atomic orbitals)法（Q-Chemオプション）
VARTHRESH=0
PAO_METHOD=PAO/EPAO(extracted polarized atomic orbitals)
PAO_ALGORITHM=1(conservative)
EPAO_ITERATE=n(optimize up to n iterations)
EPAO_WEIGHTS=115(default)/15
交換項
EXCHANGE=
HF
Slater, S
Becke, B
Gill96, Gill
GG99
Becke(EDF1), B(EDF1)
PW91, PW
PBE
PBEOP
B97
B97-1
B97-2
B3PW91, Becke3PW91, B3P
B3LYP, Becke3LYP
B3LYP5
BOP
EDF1
EDF2
BMK
M05
M052X
M06L
M06HF
M06
M062X
BR89
omegaB97
omegaB97X
omegaB97X-D
General, Gen
相関項
CORRELATION=
None
VWN
LYP
PW91, PW
LYP(EDF1)
Perdew86, P86
PZ81, PZ
Wigner
MP2
Local_MP2
CIS(D)
MP3
MP4SDQ
MP4
CCD
CCD(2)
CCSD
CCSD(T)
CCSD(2)
QCISD
QCISD(T)
OD
OD(T)
OD(2)
VOD
VOD(2)
QCCD
VQCCD
溶媒計算例
i) SS(V)PE
SVP=TRUE DIELST=78.39 NPTLEB=1202
ii) SM8
SMX_SOLVATION=TRUE SMX_SOLVENT=benzene
iii) CHEMSOL
CHEMSOL=1 READ_VDW=FALSE CHEMSOL_PRINT=1
長距離補正DFT(Long-range-corrected DFT/LRC-DFT)
LRC_DFT=TRUE OMEGA=N
※Nは整数値(n/1000 bohr^-1、例 300)
エネルギープロファイル計算
二つの二面角、MM最適化なし
DYNCONMETHOD=GRID NOMECHPREOPT GEOMETRYCYCLES=999
spartan起動時の"cannot restore segment prot after reloc"エラー
SELinuxによる。short answer、# setenforce 0。。
今やバージョンは、10.0。。。
Pseudo potentialのチェックボックスは無くなっている模様。
LanL2dz等に自動的に切り替えられるらしい（出力をしっかり診なきゃダメだなー。。）
サポートされているECPは、/auxdir/ecps/で確認でき、
現状、631LA, crenbl, lacvp, lanl2dz, sbkjc, srsc等がある。
オプションでECP=SBKJCとすれば、おそらく有効。
ちなみに、/auxdir/basis/で基底関数をチェック可。
SCFがうまく収束しない場合。
SYMMETRY=FALSE
か
INCDFT=FALSE
VARTHRESH=FALSE
もしくは、アルゴリズムを変えてみる。
SCF_ALGORITHM=DIIS/DM/DIIS_DM/GDM/RCA/RCA_DIIS/ROOTHAAN
デフォルトは、DIIS_GDMとなっているはず。
イタレーション数を増やす場合は、
MAX_SCF_CYCLES=
で調整する。収束条件は、
SCF_CONVERGENCE=
で、10^
Q-Chem specific questions
http://iopenshell.usc.edu/forum/forum.php?id=24
