phaseとchase

マシンスペックが良くないので、擬ポテンシャルで。

１、Linux&ifort&mklで、phase_v701のコンパイル

　-lpthreadでエラーになる。

src_phase/Makefileで、-pthread に修正。

　-L/lib ってするのは、間違い。 < RTLD_NEXTエラーになった。。

２、Linuxでchase

日本語が文字化けする。。

日本語フォントのリンクを作成する。

> cd (インストールDIR)/RSS21/CHASE-3PT/_jvm/lib/fonts
> mkdir fallback
> ln -s /usr/X11R6/lib/X11/fonts/truetype/sazanami-gothic.ttf .
> ln -s /usr/X11R6/lib/X11/fonts/truetype/sazanami-mincho.ttf .

Java詳しくないので迷った。

３、chaseからphaseをキック

executeをクリックしても計算がはじまらない。。
テンプレートスクリプトが、mpiexecを使う設定になってる。
どこかでserialに設定できるかもしれないが、
phaseのみを叩くよう書き換える。

shの場合の例

$HOME/.chase/scripts/jobcontrol/phase/submit.sh

__PHASE__ < /dev/null >& errLog

＊1, chaseと同じディレクトリに、phaseやekcalをコピーしておく。
＊2, 既にsubmit.shが作業ディレクトリに複製されている場合、直接修正する。

４、ChaseのAtomicConfigurationViewer

画面が乱れる。。

GLXのバージョンが1.3以上であれば、
JCanvas3Dを有効にすれば、よくなるらしい。

$HOME/.chase/acvconfig
canvas3d_use_jcanvas3d=true

＊, glxinfoで調べる、clientでなくてserver glx version string を。