File -> Openからトラジェクトリファイルを読み込む（e.g. pdb）。
File -> Save the trajectoryからフォーマットを選び保存する。
※ 同じprefixでエネルギー値を収録したファイル(拡張子.ene)を同じディレクトリに作成すれば、クラスタ分析を実行できる。
.eneファイルのフォーマット、インデックスとエネルギーをセミコロンで区切る。
1; -383.615873728
2; -383.614446519
3; -383.614443212
4; -383.614385821
...
