TINKER - Software Tools for Molecular Design

しばらく前にTinkerをインストールしてみたんだけども、時間がなくてそのままになっていた。コマンドラインから利用するものだと思っていたら、Force Field ExplorerっていうGUIから実行できるみたい。

TINKER Molecular Modeling Package
http://dasher.wustl.edu/tinker/
※ ワシントン薬科大 Jay Ponder 研究室で開発・配布されてるMDプログラム

Tips

label.keyファイル中にarchiveを追加すると、trajectoryを1つのファイルにまとめる

以下、基本的な操作(たぶん)。

1. Force Field Explorerの起動

2. PDBファイルのロード

3. PDBXYZプログラムにより、Tinker XYZファイル形式に変換

4. Keyファイルが必要と警告がでるので、適当にパラメータファイルを指定

※ 変換&ロード完了

5. Keyword Editorで、Output Control の ARCHIVE にチェック
※ デフォルトだと複数のトラジェクトリ・ファイルが生成されるので、一つのファイルにまとめる

6. Modeling Commandから、タイムステップやアンサンブルを指定し、Dynamic実行

7. プレイボタンで、アニメーション表示可能