3D conformer generation - mog

Frog（FRee Online druG conformation generation）
http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog

Balloon
http://users.abo.fi/mivainio/balloon/index.php

□コンフォマー20こ発生
balloon -f /path/to/MMFF94.mff --nconfs 20 --nGenerations 300 in.sdf out.sdf
□コンフォマー1つ発生（最適化なし）
balloon --nconfs 1 --noGA "C[n]1cnc2N(C)C(=O)N(C)C(=O)c12" caffeine.sdf
□コンフォマー1つ発生（最適化あり）
balloon -f /path/to/MMFF94.mff --nconfs 1 --noGA "C[n]1cnc2N(C)C(=O)N(C)C(=O)c12" caffeine_min.sdf
□MMFF94原子電荷をアサイン（最適化なし）
balloon -f /path/to/MMFF94.mff --onlycharge in.sdf out.mol2

Vconf - a powerful and flexible conformational search application
which processes an SD file of drug-like compounds containing
an initial 2D or 3D conformation of each molecule.
http://www.verachem.com/vconf.html

smi23d - 3D Coordinate Generation
http://www.chembiogrid.org/cheminfo/smi23d/
http://fiehnlab.ucdavis.edu/staff/kind/ChemoInformatics/Concepts/3D-conformer

myPresto (Medicinally Yielding PRotein Engineering SimulaTOr)
http://presto.protein.osaka-u.ac.jp/myPresto4/

TINKER - Software Tools for Molecular Design
http://dasher.wustl.edu/tinker/

回転結合を120度きざみにしたら、
15個の結合で14,348,907個（3^15）の配座になる。

配座発生は、単純だろうけども重要だな。
力場計算でエネルギー比較、もしくはナレッジベースで
篩にかけるのだろうけども、数が数なだけに大変そうだ。

Conformational isomerism
From Wikipedia, the free encyclopedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Conformational_isomerism

生成した配座をクラスタリングするツール

Vega ZZ
http://www.vegazz.net/

DIVCF
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html#DIVCF